(במדבר כה ט): "וַיִּהְיוּ הַמֵּתִים בַּמַּגֵּפָה אַרְבָּעָה וְעֶשְׂרִים אָלֶף"

על-פי הפשט, היתה זו מגפה על-טבעית - בני ישראל זנו אחרי בנות מואב ומדיין והשתחוו לאלהיהן, ה' העניש אותם במגפה, והמגפה נעצרה רק אחרי שפינחס קינא לה' והרג את החוטא הראשי.

אולם, ע"פ מחקרים שהתפרסמו בשנים האחרונות, ניתן להציע הסבר טבעי למגפה. בספרו רובים חיידקים ופלדה (ג'ארד דיימונד, ה'תשנ"ז) טוען המחבר, שהאירופאים שפלשו לאמריקה הצליחו לנצח את השבטים האינדיאניים, לא רק בגלל הנשק העדיף שלהם, אלא גם מסיבה אחרת לגמרי - הם הדביקו אותם, בלי להתכוון, בחיידקים קטלניים. האירופים היו כבר מחוסנים מפני החיידקים הללו, אבל האינדיאנים לא היו מחוסנים, ולכן נדבקו ומתו במגפות.  דבר דומה קרה גם באוסטרליה - המתיישבים הלבנים הדביקו את האבוריג'ינים במגפות שגרמו, באופן ישיר או עקיף, למותם של 90% מהאוכלוסיה המקורית.

ייתכן שזו היתה גם הסיבה למגפה המואבית-מדיינית: כשבני-ישראל התקרבו לבנות מואב ומדיין, הם נדבקו בחיידקים, שהמואבים והמדיינים כבר היו מחוסנים מפניהם, אבל בני-ישראל עדיין לא. כתוצאה מכך התחוללה מגפה שהיתה עלולה לכלות את רובו הגדול של עם ישראל. גורלו של עם ישראל היה עלול להיות דומה לגורלם של האינדיאנים באמריקה או האבוריג'ינים באוסטרליה.

כדי להציל את עם ישראל מהמגפה, היה הכרח לנתק באופן מיידי כל מגע עם המואבים והמדיינים. אולם, בני-ישראל כבר נמשכו לבנות מואב ומדיין ולא יכלו להתנתק מהן. כדי לנתק את הקשר היה דרוש מעשה קיצוני וחריף - וזה בדיוק מה שעשה פינחס: הוא לקח רומח והרג נשיא משבט שמעון ששכב עם בת נשיא מדיין. הדבר גרם לזעזוע עמוק בעם ישראל, ולסכסוך עם המדיינים, אולם הוא השיג את מטרתו. הוא ניתק את הקשרים שגרמו להידבקות במגפה, והציל את עם ישראל מהכחדה.

במגפה המואבית-מדיינית נהרגו 24,000 איש. כ-2500 שנה מאוחר יותר, בזמן מרד בר-כוכבא ברומאים, היתה מגפה בתלמידי רבי עקיבא, שגם בה נהרגו 24,000 איש. האם זה מקרה? או שיש קשר בין המגפות?    ראו:   התעלות האדם מעל עצמו בתורה / ראובן זילברמן .