"מספר מפקד העם" - דוגמת וכל פקדיכם לכל מספרכם
"ויהי כל ישראל אלף אלפים ומאה אלף ויהודה ארבע מאות ושבעים אלף" - (ובשמואל ב' כ"ד) כתיב ח' מאות אלף ואיש יהודה ה' מאות אלף דמשמע דלא היו מישראל כל כך כאשר נאמר כאן אלא לפי שהקצף היה מאת הקב"ה על דוד לא כתב שם מספר כולם שמנה ואף יואב לא מנה כל השבטים כמו שכתוב כי נתעב דבר המלך את יואב אבל כאן משום כבודו של דוד מזכיר כאן מספר וחשבון שמנה כי זהו כבודו שחיל כבד כזה היה בשבטו וכן מוכיח כמו שפירשתי שאפי' אותו קצת מישראל שמנה לא כתב כל מספרם בשמואל אבל כאן כתב כל אותו מספר שמנה דהא כתיב כאן ויהי כל ישראל ובשמואל לא כתיב כל ובפירוש מוכיח כאן לפנינו כדכתיב יואב בן צרויה החל למנות ולא כלה ויהי בזאת קצף על ישראל ולא עלה המספר כמספר דברי הימים למלך דוד (לקמן כ"ז כ"ד)
"ולוי ובנימן לא פקד בתוכם וגו'" - יואב היה יודע שיהיה לאשמה לעם לנגף לפיכך אמר יואב יכול אני להציל שבטים הללו מן המנין לוי אם יאמר דוד למה לא מנית את לוי אשיבנו כי לא התפקדו בתוך בני ישראל (במדבר ב') וכן אומר לבנימין הלא בפלגש בגבעה נגפו ואם יתנגפו עתה מה ישתייר להם
"ועתה העבר נא את עוון עבדך" - עוון זה מלא בשני ווי"ן כלומר העבר נא על העון המלא שעשיתי וד' מלאים הן בקריאה וזה אחד מהם והשני (בתהלים נ"א) הן בעוון חוללתי וכמפורש בויקרא רבה באשה כי תזריע (פי"ד ע"ש) אפילו חסיד שבחסידים אי אפשר שלא יהא לו אחד בעבירה בלא נתכוין (אבא) והלא לא נתכוין אלא לצורך עצמו והשלישי עוונותיו ילכדנו את הרשע (משלי ח') עוונותיו המרובים והרביעי (במלכים ב' ז') ומצאנו עוון ועתה לכו ונבואה ונגידה בית המלך שאמרו אם לא נלך ונגיד את בית המלך יהיה עוון גדול כי יבואו עליהם אויבים
"צר לי מאד" - אתה אומר בחר לך הקל שבהם קשה לי וצר לי מאוד עליו משל לאדם שאמרו לו הנך מת ובאיזה קבר רצונך שתקבר אצל אביך או אמך אמר להם אוי לאזנים שכך שומעו'
"אפלה נא ביד ה'" - בדבר ששוה בכל עשירים ועניים
"כי רבים רחמיו" - אולי ירחם אבל אויבינו לא ירחמו עלינו
"נטויה על ירושלים" - ומה שכתוב (ביהושע ה') והנה איש עומד לנגדו וחרבו שלופה בידו וגו' הלנו אתה אם לצרינו יהושוע היה עומד ואחוריו כנגד צריו ובא מלאך כנגדו לפיכך תמה ואמר לו הלנו אתה אם לצרינו לעזרינו הואיל ואתה עומד לנגדי או לצרינו לעזור שגם אתה עומד כנגדן אבל כאן כיון שראה החרב של מלאך שהיתה נטויה על ירושלים ידע בעצמו שבא לנגוף את ישראל
"מתחבאים" - מפני המלאך לקיים הפסוק (ישעיהו כ"ז) לך עמי בא בחדריך וסגור דלתיך בעדיך חבי כמעט רגע עד יעבור זעם ואומר (שמות י"ב) ואתם לא תצאו איש מפתח ביתו עד בקר
"וארנן דש חטים" - לפי שאמר לפנינו והחטים למנחה שלא תתמה וכי היאך היו לשם חטים
"ולא יכל דויד" - אז כשהיה אותו מעשה שצוה לו הקב"ה להעלות קרבן לא היה דוד יכול ללכת לפניו לדרוש אלהים כלומר לפני המזבח אשר בגבעון כי נבעת מפני חרב מלאך ה' והלך דוד כדברי ה' ובנה מזבח וענהו ה'