המשנה ביסודה ותקופת התנאים עליה והעיקר עופפה חרבם הקשה על ראש חכמי הדור וראשי העם. והרב פראנקעל עצמו בשכחו חשבונות של מצוה ובהלכו לתומו יאמר בעמוד 13: "והנה גם בימי הזוגות לא שקטה הארץ, כי לא ארכו הימים, ותהי מריבה בין המלך ובין העם, ואלכסנדר ינאי בן יוחנן כהן גדול בעל אחות שמעון בן שטח מלך רע ובליעל הרג בעם מכת חרב והרג ועשה נקמות אכזריות בהגדולים והטובים בו.״
ובכל זה שכח פראנקעל דברי עצמו, ויאמר בעמוד 30על הלל "ויסד התורה בעת אשר נשתכחה, ונראה שהכונה על ימי הריבות והמלחמות בין הורקנוס ואריסטובלוס בני אלכסנדר ינאי וכו׳ ונחרבו בתי המדרש ונתמעטה התורה״.
אבל אם הי׳ הדבר כן לפני ימי הלל על ידי המלחמות של הורקנוס ואריסטובלוס, ובני אריסטובלוס, הנה הי׳ זה כן עוד הרבה יתר מאד בימי אביהם בימי אלכסנדר ינאי עצמו.
ותחי להיפך כי בימי הורקנוס ואריסטובלוס הי׳ זה רק מבוכות במדינה, ולא הי׳ זה אז רדיפות לגדולי התורה ולבתי מדרשיהם ביחוד.
לעומת זה היו מעשי אלכסנדר ינאי על פי הצדוקים, והם כוננו חצם ננד התורה ביחוד, וירדפו באף ובחמה נוראה גם את כל המתנהגים בדרכי התורה, ויעשו סנהדרין של צדוקים, וחכמי התורה הוכרחו לצאת בגולה בנעריהם ובזקניהם וגם שם לא הונח להם.
ומפורש גם במגילת תענית פי״ב "בשבעה עשר ביה (באדר) קמו עממיא על פליטת ספריא במדינת כלקיס ובית זבדאי והוה פורקן, שכשירד ינאי המלך להרוג את החכמים (בחג הסוכות, ויבואר במקומו) ברחו מלפניו והלכו להם לסוריא ושרו במדינת קוסליקום ונכנסו האויבים שבאותו מקום עליהם וצרו עליהם להרגם והזיעו בהם זיע גדולה והכו בהם מכה רבה והשאירו בהם פליטה והלכו להם לבית זבדי וישבו שם עד שחשיכה וברחו משם, ר׳ יהודה אומר סוס קשור הי׳ וכו׳." ורק זמן קצר מאד בתוך ימי אלכסנדר ינאי מצאו להם מעמד, וגם זה רק בתור ערום ראה רעה ונסתר, ולא הרעו להם בפרהסי׳, עד אשר שבו הצדוקים ללכת עוד הפעם ביד רמה וחרב שלופה, ככל אשר יבואר לנו כל זה במקומו, וגם לפנינו בדברינו על הצדוקים מפרק כ״ט ולהלן.
וכידוע הנה גם מהזוג שלפני שמעון בן שטח ויהודה בן טבאי, הזוג הקודם להם דהיינו יהושע בן פרחיה ונתאי הארבלי, הנה הוכרח גם ראש הדור יהושע בן פרחיה לנוס לאלכסנדריא של מצרים ולשבת שם ימים רבים, ושב לארץ רק אחרי מות יוחנן כהן גדול בתחלת ימי אלכסנדר ינאי על ידי השתדלות שמעון בן שטח, אשר אז הי׳ יכול עוד לפעול עליו בעזרת אחותו, ככל אשר יבואר גם זה בדברינו על הצדוקים.
ובאמת כי מאמצע ימי יוחנן הורקנוס (יוחנן כהן גדול) מאז נתן ידו אל הצדוקים הנה לא לבד כי חכמי התורה נרדפו באף ובחמה וקצף גדול.
כי אם שגם נגזר אז גזירה כוללת על העם על כל מי שיעוז לשמור ולעשות את התקנות מדרבנן כמו שהוא מפורש בדברי יאזעפוס XIII, 10, 5 והושם על זה עונשים קשים.