המקדש הורשו תיכף להתאסף ביבנה ולמנות נשיא עליהם ולא הביטו הרומאים בעין רעה על חכמי ישראל ודתם ובהיותם בבית המדרש שכחו כל התלאות והצרות ומשם יתאה אורה לכל העולם הישראלי, אבל בזמן מלחמת ביתר ראה אדרינוס קיסר כי כח העם הקטן הזה מונח בתורתם, וקרוב מאוד לומר שאלישע-אחר עוכר ישראל ודתו גלה להשונא את כל זה, ולכן כשהתגברו על בר כוזיבא ועשו הרג רב בישראל לא אמרו דיים, ואך כל ישעם וחפצם היה למחות את שמי היהדות מקרב הארץ, ולכן גזרו שלא להקהיל קהלות להגות בתורה, ואף גם לא ליחד את השם, והביטו בשבע עינים על כל צעד וצעד, ובפרט לעבר שנים ולקבוע חדשים שבזה תלויה כל מועדי ישראל שהם זכר לחרות, דבר זה היתה אסור לבא בקהל ישראל ואשר ימצא עובר על דבריהם היתה אחת דתו להמית, ולכן הלך לו ר"ע לבבל ועיבר שם השנים וזה שאמרו השלוחים ברכות סג. לחנניה בן אחי ר' יהושע הנח לר"ע בן יוסף שלא הניח כמותו בא"י, אבל חזר אח"כ לא"י ומסר תורתו לתלמידיו היקרים כדי שלא תשתכחה התורה מישראל.
ואם כי שבל"ס הביטו עליו בעין חשד שדם הוא שם ידו נגד המלוכה אבל לא מצאו בו עון אשר חטא מעולם לא לקח שום חלק בפרהסיא ואך הגה בתורה יומם ולילה.
ועל אותו הזמן אמרו תוספתא ברכות פ"ב ה"יג אר"מ פ"א היינו יושבין לפני ר"ע בב"המד היינו קורין את שמע ולא היינו משמיעין לאזנינו מפני קסדור אחד שהיה עומד על הפתח, א"ל אין שעת הסכנה ראיה.
נשיו, בניו ובנותיו
בימי חייו הארוכים היו לו אנחות ושמחות.
אשתו הראשונה כפי הנראה מתה עליו בעודו היותו רועה וע"ה והשאירה לו בן אשר שניהם התחילו ללמוד ביחד את הא"ב כשבות דר"נ פ"ו, ואשתו השניה הנחמדה רחל בת כלבא שבוע היא היתה עקרת ביתו היא התענה בכל אשר התענה הוא, היא מכרה את שערותיה היפות ובהכסף תמכה את אהובה כדי שיכול לעסוק בתורה, היא היתה אלמנה חיה כ"ד שנים כל משך הזמן שר"ע ישב לרגלי רבותיו, וכשבא נפלה לרגליו ונשקה לו והוא אמר לתלמידיו שלי ושלכם שלה הוא, אך אח"כ קיים דברו מה שהבטיח לה בהיותם ישנים בבית התבן שיעשה לה ירושלים דדהבה עד שאשת הנשיא ר"ג נתקנא בה.
ור"ע אהבה אהבה טהורה ונאמנה וכשרצו שיתמנה לפרנס עניים אמר איזיל ואימלך באנשי ביתי, כי ידע נאמנה שהיא תעזור לו בכל יכלתה.
והולידה לו בן נחמד בשם שמעון אשר זכה להובילו לחופה כירושלמי ברכות ספ"ו מעשה בר"ע שעשה משתה לשמשון בנו ועל כל חבית וחבית שהיה פותח היה מברך עליה ואומר חמרא טבא לחיי רבנן וכו'.
וכן מובא שבת סז: אך שם לא נזכר שם בנו.
אך לדאבון לבו מת על פניו כשמחות פ"ח ור"ע העיד עליו שהוא בן עה"ב שזיכה את הרבים. ובמו"ק כא: יסופר שמתו בניו של ר"ע וכל ישראל הספידום הספש גדול ומרוב הכבוד שעשו לו ניחם עליהם.
וכן ילדה לו בת יקרה שנתארסה לבן עזאי על מנת שילך ללמוד תורה, ושם מפורש שהיתה בת (רחל) בתו דכלבא שבוע.
ועוד מצינו לו בת יקרה ונחמדה כאשר יסופר שבת קנו: שהכלדאים אמרו
