נפטר קודם החורבן כמו שבארנו בערכו) ונתנו עיניהם בר"א בן הורקנוס.
והנה מלבד מה שישב לרגלי רבו ריב"ז היה לו גם ישיבה פרטית כאשר בארנו בערך ר' עקיבא, שר' עקיבא שמשו יג' שנה עוד קודם החורבן, ושרי רומי שידעו היטב שריב"ז ותלמידיו המה אוהבי שלום רומי, וכשרצה ריב"ז לצאת מירושלים לבוא לעמוד לפני אספיסינוס קיסר נשאו ר"א ור"י את מטתו כמבואר גיטין נו. ור"א ראה בעיניו את חורבן הבית ואת המהפכה הגדולה ואת כל הצרות שעברו על בני עמו, ואז הלך ריב"ז ותלמידיו הגדולים ליבנה והסמיך אותם כמפורש בסנהדרין פ"א סה"ב.
ואחר פטירת ריב"ז היה ר"א מראשי גדולי הדור בסנהדרי יבנה תחת דגל גיסו רבן גמליאל.
והנה מלבד גודל תורתו היה מופלג בכמה לשונות כסנהדרין יז. שהיה ר"א מן הד' בב"ד של יבנה שהבינו כמה לשונות. והוא כגדול הדור לקח חלק בכל עניני כלל ישראל כמו שמצינו אותו כמה פעמים נוסע לרומי עם ר"ג ור"י ובטל הגזירות הכלליות כסנהדרין פ"ז הי"ג ר"א ור"י ור"ג סלקון לרומי, וב"ר פי"ג-ט מעשה בר"א ור"י שהיו מפרישין לים הגדול - כיון שעלו לרומי א"ל אנדרינוס וכו', (וזה היה זמן רב קודם שמלך אנדרינוס), ודברים רבה פ"ב-כד מעשה שהיו רבותינו ר"א ור"י ור"ג ואז היתה גזירה שבירח ימים לא יהיה בכל העולם יהודי.
וכן מצינו אותו עם ר' יהושע ור"ע שעלו לרחוץ בהרי דימוסין דטבריא, ור"ע קרע תמיד בשם רבי אע"פ שר"ע נתגדל מאוד כדמצינו פסחים סו., ב"מ נט:, סנהדרין סח. קא..
והנה אע"פ שרכש לו כל מדות היקרות מרבו ואחרי גדולתו בתורה ובחכמות היה מטבעו איש שאינו מעביר על מדותיו כמבואר תענית כה: מעשה בר"א שגזר יג' תעניות על הצבור ולא ירדו גשמים - ירד ר"ע אחריו ואמר אבינו מלכנו - וירדו גשמים - הוו מרנני רבנן יצתה ב"ק ואמרה לא מפני שזה גדול מזה אלא שזה [ר"ע] מעביר על מדותיו וזה [ר"א] אינו מעביר על מדותיו, (ובזהר שמות טו. מובא שר"ע פייסו במשל נאה ואמר איהו רחימא דמלכא ואנא עבדא, ובעי מלכא לאשתעי בהדיה כל יומא ולא יתפרש מיניה, ואנא לא בעי מלכא דאעול חרעי דפלטרין, ובזה נח דעתו דר' אליעזר). ודבר זה הביא עליו צרות רבות ורעות עד שנתנדה מחבריו היקרים ומתלמידיו הראשונים והלך לו ללוד לישיבתו פרטית ומני אז לא בא לועד הסנהדרין ליבנה וכל זה נעשה ע"י גיסו ר"ג וחבירו האהוב ר' יהושע וכדמובא ב"מ נט: בדין חתכו חוליות ונתנו חול בין חוליא לחוליא ר' אליעזר מטהר וחכמים מטמאין וקראו ההלכה הזאת "תנור של עכנאי" ור"א השיב לחכמים כל תשובות שבעולם שהצדק אתו ולא קבלו ממנו - עד שיצתה ב"ק ואמרה מה לכם אצל ר"א שהלכה כמותו בכ"מ, אז עמד ר' יהושע על רגליו ואמר לא בשמים היא - כבר כתבת בתורה אחרי רבים להטות, וכדי לחזק הדבר הביאו כל טהרות שטיהר ר"א ע"י אותו תנור ושרפים ונמנו עליו וברכוהו, ור"ע תלמידו הגדול היה השליח ולבש שחורים וישב לפניו ברחוק ד' אמות. א"ל ר"א עקיבא, מה יום מיומים? א"ל רבי! כמדומה שחברים בדילים ממך. אף הוא קרא בגדיו וחלץ מנעליו וישב ע"ג קרקע ובכה.
וצערו של ר"א היתה גדולה כ"כ עד שבכ"מ שנתן ר"א עיניו בו נשרף, ור"ג היה הולך בספינה עמד עליו נחשול שבים לטבעו, אמר כמדומה לי שאין זה אלא בשביל ר"א בן הורקנוס אבל גלוי וידוע לפניך רבש"ע שלא לכבודי
